Una volta che il carbone è stato estratto, occorre anche trasportarlo dalla miniera agli impianti di utilizzo. Per brevi distanze ci si serve di camion, mentre il ricorso a treni, chiatte e navi è fondamentale se le distanze sono maggiori. Recentemente sono stati sperimentati carbonodotti nei quali il minerale fluisce per pompaggio dopo essere stato ridotto in polvere e mescolato con acqua. Vengono prese misure preventive ad ogni stadio durante il trasporto e lo stoccaggio per ridurre i potenziali impatti ambientali.