I protisti sono diffusi in tutti gli ambienti, ovunque si trovi dell’acqua anche in minima quantità. Esistono specie marine e di acqua dolce che vivono sia sospese nell’acqua, sia sui fondali marini. È sufficiente una piccola pozza di acqua per poter rintracciare questi microrganismi; comunemente si possono trovare anche nella sottile pellicola di acqua che ricopre le particelle del terreno.